在上集打敗密探史密斯、救出墨菲斯之後，NEO隨同親密愛人翠尼蒂和其他戰友壹起，乘坐飛船返回地球上最後壹個人類據點——錫安基地。在那裏，他們和其他自由戰士們聚集到了壹起，其中包括墨菲斯的甜蜜冤家——奈奧比美眉。 就在這時，矩陣系統決定“先下手爲強”，派遣了爲數250000的電子烏賊大軍，開始進攻錫安基地，積弱的基地防守力量根本不足以對抗如此強大的機甲兵團，眼看就要失守，NEO必須和他的戰友們壹起將敵人徹底消滅
