衛星區篇
以武藤遊戲所在時代數十年後的童實野市為舞臺。那時的童實野市被稱為“新童實野市”，是壹個根據身份高低分為上層地帶和下層地帶的階級社會，流行著使用被稱為“D輪（D Wheel）”的摩托車型決鬥盤決鬥的“騎乘決鬥（Riding Duel）”。
不動遊星在新童實野市的下層地帶“衛星區（Satellite）”中與同伴們壹起生活著。因被對手——騎乘決鬥的KING“傑克·亞特拉斯”偷走了自己最重要的卡“星塵龍（Stardust Dragon）”，為了把它奪回，遊星逃出了衛星區。
Duel of Fortune Cup篇
再會後的遊星與傑克在Stadium進行了騎乘決鬥。在白熱化的戰鬥展開途中，兩人的手臂突然出現了印記，最後伴隨著雙方的王牌龍互相攻擊，神秘的紅龍出現了。得知此事的治安維持局長官雷克斯，將遊星的同伴捉走作為人質，強迫他參加優勝者可以獲得向KING傑克的挑戰權的“Duel of Fortune Cup”大賽。在這個大賽裏被雷克斯吸引過來的遊星、超能力決鬥者十六夜秋、天才決鬥少女龍可、還有傑克4人、都覺醒為“紅龍的龍印者”，最後獲得優勝的遊星在與傑克的決鬥中獲得了勝利，成為了新的決鬥王。
暗痣者篇
原來Fortune Cup是歌得溫為了集合龍印者所舉辦。另壹方面，壹群名為“暗印者”的決鬥者已經蠢蠢欲動，他們能夠展開會令決鬥者受到真實傷害的“黑暗決鬥”，以及使用壹種叫“黑暗同步”的新戰法，以及在背後控制他們的“地縛神”。遊星以建造連接衛星區和都市區的代達羅斯橋為條件，前往衛星區阻止“暗印者”的計劃。
暗痣者篇
WRGP(World Riding-duel Grand Prix)篇
與“暗印者”之戰半年後，連接衛星區和都市區的橋梁終於完成，彼此的界線總算消失。全市還建造了大量專為騎乘決鬥而設的高速公路，還開發了高速世界2取代以前的高速世界，世界大賽“WRGP(World Riding-duel Grand Prix)”開幕在即，遊星等人組成“5D\\\'S隊“參賽。然而，新的威脅已經悄悄地來臨——神秘組織“太壹”的三皇帝出現，使用可以吸收同步怪獸的“機皇帝”欲圖毀滅童實野市，市區上空不時浮現不祥的黑影。雙方在大賽決戰相遇，這場戰鬥的勝負將決定童實野市的存亡。
WRGP篇
弧線搖籃篇（最終章）
雖然阿波利亞被打敗，帶來毀滅的黑影正體“弧線搖籃”還是出現了，童實野市危在旦夕。而主使這壹切的“Z-ONE（忘-我）”也終於浮出水面，來自被破滅未來的他要毀滅災禍的肇源童實野市改變未來。遊星等人不能認同他的做法，登上“弧線搖籃”與“Z-ONE”展開最後的決戰。最終，Z-ONE被遊星擊敗，弧線搖籃消失，遊星拯救了童實野市，平安歸來。
弧線搖籃篇
大結局
Z-ONE被打敗數年後遊星等人的最終走向。
