未來世界，人類首次和外星生命體伽米拉斯實現溝通，但是對方表現出強烈的敵意，向地球發起猛烈攻擊。在第二次火星星際大戰後，地球人雖然勉強取得勝利，可是伽米拉斯以冥王星爲據點，隨時向地球發射流星爆彈。經過長達八年的荼毒，如今地球已經變成荒蕪且充滿和輻射和毒氣的紅色死亡星球，人類行將滅亡。在此危亡時刻，名爲“大和計劃”的行動秘密展開。2199年，地球人在位于麥哲倫星雲的伊斯坎達爾星人的幫助下，掌握了時間翹曲的先進技術，並將之融入地球最後的希望，宇宙戰艦大和號上。在衝田司令的率領下，古代進、島大介、森雪等一腔熱血的地球戰士登上大和號，朝著宇宙的深處挺進。
